A Inconfidência Mineira (1789) e a Inconfidência Baiana (1798) têm em comum o fato de serem reprimidas pela Coroa Portuguesa ainda na fase de preparativos e o desejo de autonomia de seus participantes, pois consideravam-se prejudicados e excluídos dos benefícios pelos quais acreditavam ter direito de usufruir em sua plenitude.

O que diferencia os eventos é que em Minas Gerais buscava-se conservar e aproveitar as riquezas minerais da terra, notoriamente na forma de diamantes, ouro e, já no final do século XIX, o ferro, essencial para e indústrias e as armas necessárias ao desenvolvimento econômico e independência. Na Bahia destaca-se a luta pela igualdade racial, se não como objetivo último, certamente como o meio necessário para que os envolvidos pudessem alcançar as chefias militares e os cargos civis que possibilitariam prestígio, poder e riqueza.

Apesar de algumas opiniões contraditórias, percebe-se que o diferencial entre as duas conjurações é o fato de que a Conjuração Mineira teve um caráter elitista em sua organização e execução até o fim, enquanto a Conjuração Baiana, ao adquirir contornos mais radicais e populares, causou o afastamento dos líderes intelectuais da elite local que organizaram inicialmente o movimento, fazendo com que mulatos, escravos, brancos pobres e negros libertos se transformassem nos cabeças do levante.