A rainha de Portugal, D. Maria I, teve sua sanidade mental gradativamente deteriorada e, em 10 de fevereiro de 1792, foi obrigada a aceitar que o filho e herdeiro João (futuro D. João VI) tomasse conta dos assuntos de Estado.

Antes da interdição, porém, D. Maria I teve grande influência no resultado das condenações decididas durante a Conjuração Mineira. Entre seus delírios, temia ser condenada a sofrer no Inferno, como seu pai, o rei José I, que ordenou as mortes causadas no Processo dos Távoras e a perseguição aos jesuítas. Desejando salvar o máximo possível de almas e impedir nova violência contra padres, enviou uma carta régia, assinada em 15 de outubro de 1790, que determinava o abrandamento das penas dos conspiradores de Minas Gerais que se declarassem arrependidos e que qualquer decisão envolvendo cléricos deveria ser mantida em segredo e, antes de executada, passaria por seu conhecimento e consentimento.

Pela autorização de clemência enviada pela carta real, os juízes converteram 11 condenações a enforcamento em exílio na África, pois todos se declararam arrependidos da participação na conspiração. Somente Joaquim José da Silva Xavier (Tiradentes), que se declarou líder do movimento, foi enforcado e esquartejado em 21 de abril de 1792.

Por influência da rainha D. Maria I, os três padres condenados à morte e os dois padres condenados ao degredo perpétuo na África tiveram suas sigilosas sentenças modificadas pelo então príncipe-regente D. João para exílio perpétuo em conventos e mosteiros em Portugal.