O primeiro registro de que se tem notícia do uso deste sobrenome é Dom Gonçalo Pereira, um rico e poderoso senhor português, que viveu no século XIII. Era neto de Gonzalo Rodrigues Frolaz, primeiro da família a migrar-se para Portugal, proveniente da Espanha. A formação do sobrenome é toponímica, ou seja, provém do nome do local de origem, a Quinta de Pereira, localizada em Vermoim, norte de Portugal, onde foi construído o solar da família. Os primitivos Pereiras estavam ligados à casa de Bragança, em Portugal. Foi seu solar, a Quinta de Pereira, aonde tomaram o apelido, junto ao rio Ave, em terra de Vermoim. A origem mais remota da família provém do conde de Forjaz Bermudez, sobrinho neto de Desidério, o último rei dos longobardos, da Itália.
No Brasil, o primeiro Pereira foi o donatário Francisco Pereira Coutinho, assassinado pelos índios tupinambás em Itaparica, em 1549. Dessa linhagem é a Vila do Pereira, primeira povoação da Bahia, que já estava praticamente abandonada, antes do Primeiro Governo Geral de Tomé de Souza. Conta-se que os Pereiras, descendentes desse donatário deixaram a região baiana por causa de conflitos de terra, rumaram em direção ao São Francisco e se dispersaram de Minas Gerais a Juazeiro da Bahia e se radicaram em Pernambuco nas regiõess de Petrolina, Lagoa Grande, Cabrobó, Flores, Serra Talhada, Salgueiro e Parnamirim, onde arrendaram terras da Casa da Torre e formaram Sítios, Fazendas, Vilas e cidades, onde até hoje mantêm relações amistosas com as famílias Alencar, Agra, Rodrigues, Carvalho, Costa, Correia, Mendonça e Sá. Entre seus descendentes está um dos mais importantes editores brasileiros, José Olympio Pereira Filho. Esse sobrenome também foi adotado por cristãos-novos. Dessa família Pereira consta na história do Brasil Colônia, que em 1606 chegou ao Brasil a degredada Ana Pereira, acusada de bigamia, outro ramo que também se instalou em Salvador, de onde partiu esse sobrenome. Os Pereira deixaram numerosa descendência e uma parte dela migrou para o Brasil, principalmente a partir da Bahia e do Rio de Janeiro, por volta do século XVII, e daí para várias outras partes do Brasil. Associada a esse sobrenome está a Vila dos Pereira na Bahia, a qual já existia antes da chegada de Tomé de Sousa, servindo como apoio para as levas de colonizadores que chegavam até quando iniciaram a construção da sede de Salvador. Encontra-se uma grande quantidade de grupos familiares que utilizam esse sobrenome em várias cidades mineiras. Os pesquisadores Virgílio Pereira de Almeida e Jorge da Cunha Pereira Filho, têm o sobrenome Pereira, mesmo não sendo da mesma origem, têm ampliado o acervo de informações sobre essa família. (Dicionário das Famílias Brasileiras, de Carlos Barata e Cunha ). No Rio Grande do Norte e no Ceará a família Pereira também se destaca desde o periodo das capitanias. A ocupação dos Pereira em Pernambuco está associada às atividades agropastoris, entretanto não cultivam peras como em Portugal, mas se dedicam ao cultivo de verduras e frutas regionais de clima quente, e participam de vaquejadas, feiras livres, vendas de couro e derivados da carne e também ao serviço público. Geralmente Pereira se relaciona por casamento ou negócios com as famílias Alencar, Rêgo, Agra, Freire, Nogueira, Sousa, Silva, Simões, Rodrigues, Ferreira, Carvalho, Sampaio, Miranda, Lopes e Lima.