A cultura do leite para os microrganismos e de excelente meio devido as altas atividades de água, pH próximo ao neutro e riqueza em nutrientes. Durante a ordenha a contaminação pode acontecer; sendo que e mais propicio que ocorra essa contaminação durante sua cadeia produtiva; também podemos destacar que a qualidade de todos derivados basicamente vai depender dessas condições microbiológicas da matéria-prima; sempre observamos como defeitos microbiológicos o sabor e odor diferente, alteração de cor, rancidez , alteração na viscosidade e produção de gás.
A alteração no sabor e odor do leite se dar através de reações de fermentação dos açucares, outros odores e sabor diferenciados podem ser provocados por cepas de lactobacillus lactis var. maltigenes, desenvolvimento de enterobacter,pseudômonas mucidolens e aeromonas hydrophila.
As alterações de cor são devidas a outras reações químicas ocorridas pelo processamento ou crescimento de microrganismos produtores de pigmentos; as cores aparecem no leite como azul (pseudomonas syncyanea), amarela (pseudomonas syncyane gên. Flavobacterium) e vermelha (serratia marcescens e micrococcus roseus além de algumas leveduras).
A rancidez se deve as bactérias do gên. Pseudomonas, alcaligeres, bacillus, proteus, clostridium, além de bolores e leveduras através de enzimas lipolíticas; atuam na gordura hidrolisando e/ou oxidando os responsáveis pelo odor e sabor que característicos da rancificação.
A alteração na viscosidade ocorre principalmente em leite, creme de leite e soro de leite; o aumento da viscosidade acontece na superfície do leite ou em todo seu interior liquido através dos alcaligenes viscolatis, enterobacter spp, klebsiella oxytoca, lactobacillus lactis e lactobacillus spp.
Por ultimo a produção de gás normalmente é acompanhada pela acidificação do leite e seus derivados, a principal bactéria destacada na produção de gás são os coliformes, clostrilium spp, alguns bacillus, além das bactérias propiônicas e heteroláticas; a formação de espuma na superfície do leite em seu estado líquido identifica a visualização da produção de gás.