Antes de tudo, é importante citar Elia, que diz que há uma relação, entre a Linguística e a Filologia, "da parte para o todo", já que "a lingüística é o estudo das línguas em todos os seus aspectos, inclusive o filológico", mas, "a filologia precedeu a lingüística, mas hoje deve situar-se modestamente no quadro geral dos estudos lingüísticos". E para Lopes, a Filologia consiste em uma modalidade e etapa histórica da lingüística (diacrônica).
Há divergência que há entre filólogos e linguistas (logo, entre filologia e linguística) data do século XIX, na afirmação do método histórico-comparativo, que encontra nos falares rurais e nas inscrições populares a solução para alguns problemas de reconstituição da história da língua. Neste contexto, os filólogos não admitem o interesse dos lingüistas pelo material que eles consideram indigno, preocupados com os documentos literários considerados clássicos. E no século XX, a Filologia, atrelada à perspectiva historicista, não consegue absorver a supremacia do sincrônico sobre o diacrônico, que fora imposta pelo Estruturalismo.
Para Bueno, enquanto a Filologia acompanha a evolução do idioma de um povo desde seus primórdios documentos literários até os mais atuais e perfeitos, a Linguística vai dos últimos estágios até os primeiros, indo mais além, no objetivo de atingir a fonte primitiva da expressão.
A Filologia e a Linguística trabalham sobre o mesmo objeto, considerando a língua sob um prisma científico, seguindo um rigor metodológico na maneira como abordam o seu objeto, com preocupação acerca da segurança da observação, para que os resultados esperados nas pesquisas e sua publicação sejam os mais imparciais possíveis.
Para Souza, a principal diferença entre Linguística e Filologia é que a Linguística importa-se primordialmente com a sistematização de seus dados (mesmo por força da própria natureza dos fenômenos de que se ocupa), e a Filologia não pretende relatar de forma absolutamente sistemática os resultados obtidos nas pesquisas.
Uma diferença fundamental entre as duas ciências está no fato de que a Linguística trabalha sob o ponto de vista da sincronia em detrimento da diacronia e prioriza a língua, preterindo o sintagmático ao paradigmático, e a Filologia prioriza a fala, trabalha sob o pondo de vista da diacronia e dispensa maior atenção à singularidade e dados concretos.
É importante dizer também que, enquanto a Filologia se relaciona e depende estreitamente de outras ciências e áreas diversas, bem como a História da Literatura, Gramática, Poética, Mitologia etc., a Linguística, apesar de manter com outras ciências uma relação útil e vantajosa, esta relação nem sempre se dá de forma pacífica, uma vez que a Linguística encontra-se vista de maneira autônoma em relação às demais ciências.