A anatomia da planta reflete a situação ambiental, e pode ser algumas vezes um bioindicador. Para ter todas essas ferramentas à mão é necessário conhecimento básico da estrutura interna e externa do vegetal.
Anatomia do Caule
A associação do caule com a folha constitui o sistema caulinar, originado a partir do desenvolvimento do embrião. Diferente da raiz o caule divide-se em nós e entrenós, com uma ou mais folhas em cada nó. Dependendo do grau de desenvolvimento dos entrenós, o caule pode assumir aspectos diferentes.As duas principais funções ligadas ao caule são suporte e condução. As folhas, os principais órgãos fotossintetizantes da planta, são sustentadas pelo caule, que as coloca em posições favoráveis para a exposição à luz. As substâncias produzidas nas folhas são transportadas para baixo pelo floema do caule para os sítios onde são necessárias, tais como regiões em desenvolvimento de caules e raízes. Ao mesmo tempo, a água e os nutrientes minerais são transportados de forma ascendente (para cima) das raízes para as folhas através do xilema do caule .O meristema apical do sistema caulinar origina meristemas primários como os encontrados na raiz: protoderme, procâmbio e meristema fundamental, que se desenvolvem no corpo primário da planta originando: epiderme, tecidos vasculares (xilema primário e floema primário) e tecido fundamental, respectivamente. O córtex do caule geralmente contém parênquima com cloroplastos. Os espaços intercelulares são amplos, mas às vezes limitados à parte média do córtex. A parte periférica deste frequentemente contém colênquima, disposto em cordões ou em camadas mais ou menos contínuas. Em algumas plantas, é o esclerênquima e não o colênquima que se desenvolve como tecido de sustentação. A parte mais interna do tecido fundamental, a medula, é composta de parênquima, que pode conter cloroplastos.O crescimento secundário (crescimento em espessura) resulta da atividade de dois meristemas laterais: o câmbio vascular e o câmbio da casca, originados a partir dos meristemas primários, procâmbio e meristema fundamental de forma respectiva. O câmbio vascular será responsável pela produção de xilema e floema secundários no caule, resultando na formação de um cilindro de tecidos vasculares, dispostos radialmente. Comumente, muito mais xilema secundário do que floema secundário é produzido no caule, como acontece na raiz , causando a destruição da região medular . Com o crescimento secundário o floema é empurrado para fora e suas células de parede fina são destruídas. Somente as fibras de parede espessa permanecem intactas. Como na maioria das raízes lenhosas, a formação da periderme ocorre após o inicio da produção de xilema e floema secundário. Substituindo a epiderme como revestimento de proteção, a periderme consiste em: feloderme, felogênio (câmbio da casca) e súber (felema) Os caules podem apresentar diversas modificações e desempenhar funções distintas de acordo com suas necessidades adaptativas, como os aéreos a exemplo das gavinhas (auxiliam no suporte), os subterrâneos no caso dos tubérculos e bulbos (armazenamento de nutrientes) e os suculentos (armazenamento de água).