Várias teses de Arqueologia já foram escritas sobre essa região. Também informações da Igreja de Cabrobó e outros documentos comprovam ser antiga a história da cidade de Belém. Entre os dados de batismo, casamentos e missões encontram-se dados que sinalizam para o tempo em que as terras já tinham tido ocupação. Entretanto, com documentos de onde hoje está localizado o município de Belém do São Francisco só existe datado de 1835, como propriedade do fazendeiro Antonio de Sá Araújo, o qual era descendente de uma das famílias portuguesas do grupo de imigrantes colonizadores conhecido como “Famílias da Panela d’Água”. Consta que essa família obteve carta de autorização de assentamento em uma ‘sesmaria’( medida de terra equivalente a 36 léguas ou 6 quilômetros ) onde que deviam plantar, criar gado e implantar a religião católica, nas sedes de fazendas já existentes, originadas no sertão, por ocasião das capitanias e mais tarde ocupadas com entradas e bandeiras, aproximadamente de 1790 a 1820.Tudo indica que, antes de ser a Fazenda da família portuguesa Sá Araújo, essa região tenha sido uma feitoria extraída dos índios pelos bandeirantes, na maioria paulistas, mineiros e baianos, que se alistavam na milícia portuguesa, ganhavam títulos de tenentes-coronéis e entravam no sertão com o intuito de escravizar índios e até dizima-los, ficando com essas propriedades como presente do imperador. “O povoado de Belém do São Francisco surgiu a partir de uma fazenda pertencente a Antônio de Sá Araújo, que, em 1830, se estabeleceu às margens do Rio São Francisco, em terras do município de Cabrobó. (Wikipédia, 2009). É possível que mais tarde, possivelmente, tenham sido mudados os planos de colonização portuguesa (Ver biografia dos sertanistas em anexo). Atribui-se também sua origem às Santas Missões de 1839 e 1840, coordenadas pelo padre Francisco Correia, quando foi lançada a pedra fundamental d uma capela consagrada à Nossa Senhora do Patrocínio, fato que motivou peregrinação. Em 1830, segundo historiadores os fatos originários de Belém, seu fundador em passeios habituais, distanciou-se um pouco da sua vivenda, encontrando local de paisagem deslumbrante até então deserto, compatível para ali instalar-se com sua fazenda, passar o inverno, construindo à margem do rio São Francisco uma casa de taipa, a casa grande e ao lado desta a senzala, residência dos escravos.No ano de 1840, na Santa Missão, pregada pelo Padre Francisco Correia, foi lançada a primeira pedra da capela, consagrada a Nossa Senhora do patrocínio. Daí, surgiram as construções de casas de João de Sá Araújo e Padre Francisco Tavares Arcoverde e outras, que constituiram o conglomerado, dando o nome de Belém em homenagem à venerável padroeira Nossa Senhora do Belém, da extinta capela do Araxá. Figuras de relevo contribuíram para o progresso de Belém nos seus primórdios, entre outros, Antônio de Sá Araújo, Manoel Carvalho Alves, João Avelino de Carvalho Dandão e, reconhecidamente, o tenente coronel Jerônimo Pires de Carvalho. Belém foi elevada à categoria de Freguesia, pela Lei Provincial nº 1885, de 12 de outubro de 1835 e provida canonicamente em 1910, com a nomeação do seu primeiro vigário, o Padre Norbeto Phalampin, embora a povoação de Belém já tivesse sido elevada à categoria de vila em 1902. As águas do rio São Francisco na sua grande cheia, em 1919, destruíram quase a totalidade da cidade com inundação, obrigando seus ribeirinhos a construir nas partes altas. Conta-se que somente a Igreja de Nossa Senhora do Patrocínio, padroeira da cidade, ficou de pé. O município precisou, então, mudar-se para uma parte mais acima das margens do rio. Por legislação, o município de Belém do São Francisco foi criado na mesma data de emancipação de Cabrobó, em 11 de setembro de 1928.
Em 1972, em outra grande cheia do rio São Francisco, a igreja de Nossa Senhora de Belém, foi destruída, restando seus escombros como marco inicial da sua história, ficando este local, por coincidência, em frente à igreja do Menino Deus, em terra firme, no atual Belém do São Francisco. Dos povoadores de Belém, a cidade valoriza a figura principal do seu fundador Antônio de Sá Araújo que residia ao tempo da povoação de Canabrava. Distrito criado com a denominação de Belém pela lei provincial nº 1836, de 12-03-1885 e lei municipal nº 2, de 01-12-1892, subordinado ao município de Cabrobó, foi elevado à categoria de vila com a denominação de Belém, pela lei provincial nº 345, de 1305-1854, desmembrado de Boa Vista. Sede na vila de Belém constituído do distrito sede e instalado em 08-11-1854. Pela lei estadual nº 597, de 07-05-1903, transfere a sede da vila de Belém de Cabrobó elevado à condição de cidade. Em1924, o município de Belém passou a denominar-se Belém de Cabroró e a lei estadual nº 1931, de 11-09-1928, determinou a denominação simplificada para Belém.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1933, o município é constituído do distrito sede e em 1938 adquiru o distrito de Itacuruba do município de Floresta.No período de 1939-1943, o município ficou constituído de 2 distritos: Belém e Itacuruba. Em 1943, o município de Belém passou a denominar-se Jatinã e em divisão territorial de 1950, o município é constituído de 2 distritos: Jatinã e Itacuruba, passando a denominar-se Belém de São Francisco. Em 1955, o município é constituído de 2 distritos: Belém de São Francisco e Itacuruba,assim permanecendo até1960. Pela lei municipal nº 129, de 26-09-1962, são criados os distritos de Ibó e Riacho Pequeno e anexados ao município de Belém de São Francisco e pela lei estadual nº 4939, de 20-12-1963, desmembra-se do município de São Francisco o distrito de Itacuruba, sendo elevado à categoria de município.Em divisão territorial datada de 31-12-1963, o município é constituído de 3 distritos: Belém de São Francisco, Ibó e Riacho Pequeno.