A dúvida vivenciada nas meditações anteriores inquietou Descartes de modo que não conseguiu esquecê-las. Percebendo que não havia resolvido-as, pois não encontrava certeza de nada mais nas coisas, se debruçou com vigor em seu projeto para descobrir algo seguro. O filósofo entendeu que, mesmo não encontrando a verdade durante toda sua vida, pelo menos poderia ao final dela estar confiante de que no mundo não haveria nada de certo. Desta maneira, sua investigação filosófica consistiu na dúvida metódica para se chegar um fim, a certeza. E isso serviria como meio para construir outras razões indubitáveis e avançar no desenvolvimento de sua ciência.
Envolvido em suas meditações Descartes propõe a duvidar das coisas. Supõe que todas as coisas são falsas, que em sua memória existem apenas mentiras, que não há nenhum dos sentidos e levanta a seguinte problemática: O que poderia consistir então de verdadeiro? Talvez nada mais, considerando que o mundo não tenha nada de certo.
Não satisfeito, Descartes propõe as seguintes ideias para chegar a sua primeira verdade, a sua existência. Ao considerar que estou sendo enganado e sabendo disso, como é que sei que não há alguma certeza? Será que há alguém que me ponha esses pensamentos? Talvez não, eu seja capaz produzir por mim mesmo. Descartes duvida de ser algo e, se é dependente do corpo e dos sentidos em que não possa viver sem eles, ou seja, faz uso da dúvida no seu limite persuadindo a si que não exista. Conclui que, existe sem dúvida, tanto ao se persuadir quanto ao pensar em algo, mesmo que há alguém que busque enganá-lo sempre, não há dúvida que exista se alguém o enganar. O enganador não pode fazer com que não seja nada enquanto pensa em alguma coisa, isto é, o que está à prova não a verdade ou falsidade das coisas do mundo, mas a existência de si por meio da razão.
De imediato Descartes não reconhece com muita clareza essa ideia de sua existência. Sua postura é se cuidar e agir com rigorosidade para que as suas decisões não sejam imprudentes no qual possa se equivocar. E deste modo considera que a nova estrutura filosófica esteja se formando a partir de sua existência. Refuta as antigas opiniões combatendo-as pela razão e exclui qualquer comparação com os animais, pois para Descartes os animais não pensam.
Considerando que é alguma coisa que pensa, Descartes explica o que seja essa característica própria do humano e define: o que duvida, concebe, afirma, nega, quer e sente. Com isso o filósofo retoma as questões dos sentidos e argumenta que há em si bastante coisas em que não haveria como não pertencê-las, pois mesmo que essas ideias fossem ilusões não poderia deixar de pensá-las. Mesmo que imagine receber informações do mundo exterior pelos órgãos dos sentidos e, alguém diga que esteja sonhando, é desta forma que sente, ouve e se aquece. Temos a apresentação de Descartes sobre a crença pelos órgãos dos sentidos.
Descartes entende que não pode impedir de acreditar nessas coisas corporais que recai sobre os sentidos e nas imagens que formam o seu pensamento, pois há coisas mais duvidosas e distintas que são mais conhecidas do que aquelas verdades e certas que pertence a sua natureza, ou seja, conhecem mais as coisas do mundo exterior, mesmo sabendo que poderiam ser somente ilusões, do que o seu próprio ser o que é algo verdadeiro. Assim, no seu espírito (razão) se define em investigar essas questões dos sentidos com cautela.
Para isso Descartes inicia pelas coisas mais comuns, os corpos que tocamos e vemos. O filósofo escolhe alguns corpos em particular para explorar e desenvolver suas ideias, por exemplo, um pedaço de cera. Uma cera que foi retirada da colmeia que mantém seu aroma e doçura. É dura e fria, e quando se toca ou batem nela produz um som. Sua cor, figura e grandeza são concebidas como aparentes.
Analisando, ao aproximá-la do fogo suas características percebidas por meio do sentidos mudam, por exemplo, seu sabor exala, seu aroma esvanece, sua cor muda, sua figura se perde, sua grandeza aumenta e quando líquida não produz mais som. Descartes levanta as seguintes questões: Será que permanece a mesma cera depois da mudança? Acredita que sim e ninguém pode negar. Pois então, o que a conhecia com tanta distinção que ainda a reconhece? Pelos sentidos nada a cera não é doce, não é aromática, não apresenta a mesma figura e não apresenta som, mas continua a mesma. Então, o que é a cera precisamente? Afastando de todas as coisas que não a pertence, restam apenas: algo extenso, flexível e mutável. Nesta apresentação temos a exclusão de todas as características que seriam obtido pelos sentidos e deixados apenas o que seria obtido pela razão.
Por Descartes flexível e mutável são diversas formas que a cera ou outra matéria poderia se constituir em detrimento de suas mudanças. E o extenso, não é obtido pelos que os sentido dizem, mas apenas por ser uma inspeção do espírito (racionalização) no qual pode ser imperfeita e confusa ou clara e distinta. No atual momento de sua atenção se volta mais ou menos à composição da cera.
Descartes se espanta ao analisar que o seu espírito (sua razão) apresenta fraqueza ao pensar no sentido de levá-lo ao erro. O filósofo se vê quase enganado por considerar que a cera é conhecida pelos sentidos desconsiderando o seu espírito (razão), isto é, aceitar algo que provem apenas pelos sentidos como aceitação de algo verdadeiro e descartar o esclarecimento obtido pela razão é simplesmente, enganar-se sobre a verdade.
Com isso para Descartes o homem que queira elevar o seu grau de conhecimento deve se desfazer das conclusões sem critério. Sua indicação é conhecer as coisas por meio da razão, excluindo todas as dúvidas possíveis até chegar ao conhecimento indubitável, por exemplo, distinguir a cera de suas aparentes características exteriores obtidas pelos sentidos de tal modo que encontre algo comum outra qualquer substância. E assim, mesmo que reste alguma dúvida ao final do processo não poderá descartar o modo do espírito (razão) de chegar à verdade.
Então, Descartes depois de apresentar todas suas ideias encerra com a seguinte questão: O que poderá dizer de si mesmo? Apenas que o seu espírito existe, pois poderá ocorrer que cera quanto o seu corpo não exista, ou seja, independente da hipótese da cera existir ou não o seu pensamento continuará existindo. Por outro lado, se a noção obtida sobre a cera é mais clara e evidente pela razão, e ao fazer o uso da razão também encontra algo de sua existência mais do que a cera, logo é mais fácil conhecer o espírito que se encontra em si do que a cera que está no mundo exterior.
Portanto, o filósofo diz que está de volta onde queria já que a razão é forma de encontrar o conhecimento seguro. Se for mais fácil de conhecer o espírito do que as coisas materiais Descartes analisa com cautela suas investigações sobre as conclusões que adquire sobre o mundo externo, pois está ainda em sua mente concepções do modelo antigo.